АлпхаФолд3 модел протеина (плави) у интеракцији са РНК (љубичаста).Заслуге: Гоогле ДеепМинд
Научници су данас објавили ‘преглед’ новог модела вештачке интелигенције (АИ) отвореног кода који предвиђа 3Д структуре протеина и кажу да је близу да се поклапа са перформансама револуционарног АИ АлпхаФолд3 компаније Гоогле ДеепМинд за савијање протеина.
Систем, назван ОпенФолд3, развио је ОпенФолд конзорцијум1непрофитна сарадња академских и приватних истраживачких група, са седиштем у Дејвису, Калифорнија. ОпенФолд3 користи аминокиселинске секвенце протеина да би мапирао њихове 3Д структуре и моделирао њихову интеракцију са другим молекулима, као што су лекови или ДНК.
Алат још увек нема исту функционалност као АлпхаФолд3, али „желели смо да нешто пренемо заједници што је пре могуће“, каже Вуди Шерман, председник извршног одбора конзорцијума и главни директор за иновације у фирми Псивант Тхерапеутицс у Бостону, Масачусетс. Тим се нада да ће користити повратне информације истраживача након издања за преглед како би побољшао модел.
Пуно издање долази
Систем је обучен за више од 300.000 молекуларних структура и синтетичку базу података од више од 40 милиона структура. Његов развој је до сада коштао 17 милиона долара.
Ко ће АлпхаФолд3 учинити отвореним кодом? Научници се утркују да разбију АИ модел
За разлику од АлпхаФолд3, који је доступан за ограничену академску употребу, сваки истраживач или фармацеутска компанија може да користи ОпенФолд3. „То је велики корак напред у смислу демократизације алата за структурну биологију вештачке интелигенције“, каже Шерман.
Издање за преглед дели ОпенФолд3 код са истраживачима и омогућава им да почну да га користе и тестирају. Схерман каже да тим конзорцијума још увијек ради на техничким побољшањима система и планира потпуно издање у наредним мјесецима. „Близу смо — и мислимо да ћемо, уз ово последње мало труда, у потпуности постићи паритет“, каже он. „Ово је начин да људи добију укус ОпенФолд3 и почну да га интегришу у своје радне токове и почну да праве алате и почну да пружају повратне информације.“
„Узбуђена сам што ћу тестирати (ОпенФолд3) и видети како се (то) пореди са постојећим моделима,“ каже Степхание Ванковицз, рачунски структурни биолог са Универзитета Вандербилт у Нешвилу, Тенеси.
Модели отвореног кода
ОпенФолд3 је део ширег покрета за развој верзија АлпхаФолд3 отвореног кода. Ови напори су почели у мају 2024. године, када је лондонски Гоогле ДеепМинд покренуо АлпхаФолд3, а да у почетку није поделио свој основни код. Истраживачи су критиковали одлуку приватне фирме — а касније, у новембру 2024., ДеепМинд је учинио АлпхаФолд3 код и тежине модела, или све параметре који се могу обучити у АИ моделу, доступним академицима (они остају недоступни за комерцијалну употребу).
