Флибасе, база података за модел организам Дросопхилаизгубило је средства владе. КРЕДИТ: Константин Нецхаев / Алами
Кључно спремиште за светску истраживачку заједницу постала је неочекивана жртва настављање сукоба универзитета са Харвард Универзитета са администрацијом америчког председника Доналда Трумпа. У мају, управа је замрзнула више од 2,2 милијарде долара у савезним средствима која су додељена универзитету, укључујући националне институте за здравље (НИХ) који је подржала спремиште, звану Флибасе. Универзитет Харвард, који се заснива у Цамбридгеу, Масачусетс, поднео је тужбу да се оконча замрзавање финансирања, а случај је пролазио кроз судове.
Али штета на Флибасеу била је непосредна и опсежна. Његов осам чланова особља је постављено – укључујући кустоси базе података САН граматира и Вицториа Јенкинс, како на Харварду – и суседари који су финансирали сараднике на три друга универзитета такође су нестали. Грамати су били на Флибасе више од 20 година и радујући се у пензији. Јенкинс каже да сада тражи могућности изван науке. Када одступе, они ће узети у обзир деценијама институционалног знања о једном од најбољих организама модела у биологији, воће мува, Дросопхила меланогастер.
Врховни суд САД-а омогућава них да смањи 2 милијарде долара у Грантовима за истраживање
Ситуација Флибасе је јединствена, али то није једини ресурс који се бори. Сличне базе података модела (модови) постоје за мишеве, пацове, зебрафика, квас, жабе, црв нематоде ЦАЕНОРХАБДИТИС ЕЛЕГАНС и биљка Арабидопсис Тхалиана. Колективно, ове спремишта – које подржавају стотине хиљада истраживача између њих – поднеле су деценије научних открића и служили су као чворишта за своје истраживачке заједнице. Све их је у великој мјери подржало Них, а сада се суочавају са губитком којих финансирање због широких смањења са федералном истраживачком подршком, што подстичу отклањање и поремећаје које ризикују основне науке.
„Тешко је преносити вредност ових ресурса и тимова који су надгледали њихово удио, што је заиста оно што их чини тако вредним алатима“, каже Јенкинс. „Без њих је тешко замислити истраживање настављају на било чему у близини темпа и квалитета који смо видели у прошлости.“
МОД одред
Од почетка 1990-их, као напредак у секвенцирању технологије створио је Глутс нових информација којима је потребан курирање, модови су се појавили као власти над геномима њихове поједине врсте. Ове веб странице обично садрже куриране, напомене податке о функцији гена и експресију, фенотипске алеле и варијанте, удружења људских болести и интеракције о протеинима – као и ресурси у заједници, као што су ресурси и форуми за истраживаче. Упркос важности, студија објављена прошлог месеца напоменула је да би такве централизоване спремишта могле бити рањиве, делимично због пребацивања приоритета политичког или финансирања1.
У 2016. године НИХ је покренула напор да консолидује осам од овог складишта у јединствену водећу организацију, алијансу генома ресурса, резовење да становништво ове модове заједно објединили би њихове информације и инфраструктуру и олакшали их за употребу. Свака група чланице дала је до 2029. године да мигрира своје податке и речено је да ће се њихово финансирање с временом смањити. Сада, са мање од пет година да се иду и усликују период научног прерасповода у Сједињеним Државама, модно руководство је суочен са застрашујућим изазовом.
Многи модови су интегрисали само мали део својих података у Савез – у неким случајевима, мање од 10%, рецимо извори. Део проблема, каже Стациа Енгел, руководилац пројекта у Сахацхаромицес Гномона база података (СГД), која се заснива на Станфорд Универзитету у Пало Алто, Калифорнији је да је то усклађивање толико података није тривијално. Свака група има различите потребе, врсте података и протоколи, а истраживачи нису успели да постигну консензус за једну, јединствену визију савеза.
Харвард истраживачи опустошени као Трумп тим сече скоро 1.000 грантова
Пошто је финансирање сифонирано, проблем је сложен: Модови не могу задржати своје особље, а са мање особља, интеграција података постаје теже. У међувремену, укупан износ од појединачних грантова који сваки мод који је тренутно прими није додијељен у целости Алијансе, који се суочава са сопственим резовима. „Једноставно немамо довољно времена или ресурса да се ствари дешавају као што бисмо желели“, каже Царол Булт, генетичар у Лабораторији Јацксон у Бар Харбоур, Маине и главни истраживач базе података о геному Миш.
У приручнику су неки модови изнели позиве на донације, сматрали да су спровођење које су претходно добровољне накнаде за коришћење платформи или престале операција. Воррбаза базе података нематоде, покренута 2000. године, најавила је да ће октобар обележити своје последње велико ажурирање тако да се у потпуности посвећује интегрисању у Савез, док је СГД у билтену, док је СГД приметио у билтену у априлу да се смањила од НиХ-а настављала је да се настављају да се одсече од НИХ-а настављају даље „. (Представници и на СГД-у и Воррбасе кажу да су такође изгубили особље или су морали да пресече везе са сарадницима због смањења буџета.)
„Можете видети да се сви трчу да се састају,“ каже Енгел. „На неки начин се осећа као да смо уручени немогући задатак.“
