Вилсон, ПЦ & Андревс, СФ Тоолс за терапеутско искориштавање одговора људских антитела. Нат. Рев. Иммунол. 12709–719 (2012).
Ватсон, ЈЛ ет ал. Де ново дизајн структуре и функције протеина са РФ дифузијом. Природа 6201089–1100 (2023).
Паулк, АМ, Виллиамс, РЛ & Лиу, ЦЦ Брзо индуцибилни приказ површине квасца за еволуцију антитела са ОртхоРеп-ом. АЦС Синтх. Биол. 132629–2634 (2024).
Лиу, Кс. ет ал. Глобални пејзаж одобрених терапија антителима. Антиб. Тхер. 5233–257 (2022).
Сорманни, П., Априле, ФА & Вендрусцоло, М. Рационални дизајн антитела усмерених на специфичне епитопе унутар интринзично поремећених протеина. Проц. Натл Ацад. Сци. САД 1129902–9907 (2015).
Лиу, Кс. ет ал. Компјутерски дизајн Кеап1 везујућег антитела специфичног за епитоп коришћењем пресађивања остатака жаришта и замене ЦДР петље. Сци. Реп. 741306 (2017).
Леавер-Фаи, А. ет ал. РОСЕТТА3: објектно оријентисан софтверски пакет за симулацију и дизајн макромолекула. Метходс Ензимол. 487545–574 (2011).
Ксие, Кс., Валиенте, ПА, Лее, ЈС, Ким, Ј. & Ким, ПМ Антибоди-СГМ, генеративни модел заснован на резултатима за дизајн тешког ланца антитела. Ј. Цхем. Инф. Модел. 646745–6757 (2024).
Егуцхи, РР ет ал. Дубоки генеративни дизајн везивних протеина специфичних за епитоп оптимизацијом латентне конформације. Препринт ат биоРкив хттпс://дои.орг/10.1101/2022.12.22.521698 (2022).
Сханехсаззадех, А. ет ал. Откључавање де ново дизајна антитела са генеративном вештачком интелигенцијом. Препринт ат биоРкив хттпс://дои.орг/10.1101/2023.01.08.523187 (2023).
Поребски, БТ ет ал. Брзо откривање антитела високог афинитета путем масовног паралелног секвенцирања, приказа рибозома и скрининга афинитета. Нат. Биомед. инж. 8214–232 (2024).
Агарвал, АА ет ал. АлпхаБинд, модел специфичан за домен за предвиђање и оптимизацију афинитета везивања антитело-антиген. мАбс 172534626 (2025).
Вазкуез Торрес, С. ет ал. Де ново дизајн везива високог афинитета биоактивних спиралних пептида. Природа 626435–442 (2024).
Саппингтон, И. ет ал. Побољшан дизајн везива за протеине коришћењем циљане РФ дифузије бета упаривања. Препринт ат биоРкив хттпс://дои.орг/10.1101/2024.10.11.617496 (2024).
Цао, Л. ет ал. Дизајн протеина који везују протеине само из циљне структуре. Природа 605551–560 (2022).
Гаинза, П. ет ал. Де ново дизајн интеракција протеина са наученим површинским отисцима прстију. Природа 617176–184 (2023).
Пацеса, М. ет ал. Једнократни дизајн функционалних везива за протеине са БиндЦрафт-ом. Природа 646483–492 (2025).
Цуттинг, Д., Дреиер, ФА, Еррингтон, Д., Сцхнеидер, Ц. & Деане, ЦМ Де ново дизајн антитела са СЕ(3) дифузијом. Препринт ат арКсив хттпс://дои.орг/10.48550/арКсив.2405.07622 (2024).
Јумпер, Ј. ет ал. Високо прецизно предвиђање структуре протеина са АлпхаФолд-ом. Природа 596583–589 (2021).
Ианг, Ј. ет ал. Побољшано предвиђање структуре протеина коришћењем предвиђених оријентација међурезидуа. Проц. Натл Ацад. Сци. САД 1171496–1503 (2020).
Ванг, Ј. ет ал. Функционалне локације протеина скеле користећи дубоко учење. Наука 377387–394 (2022).
Беннетт, Н. ет ал. Побољшање де ново дизајна везива протеина уз дубоко учење. Нат. Цоммун. 142625 (2023).
Иин, Р. & Пиерце, БГ Евалуација АлпхаФолд моделирања антитело-антиген са импликацијама за побољшање тачности предвиђања. Протеин Сци. 33е4865 (2024).
Абрамсон, Ј. ет ал. Тачно предвиђање структуре биомолекуларних интеракција са АлпхаФолд 3. Природа 630493–500 (2024).
Јин, Б., Одонго, С., Радванска, М. & Магез, С. Нанободиес: преглед генерације, дијагностике и терапије. Инт. Ј. Мол. Сци. 245994 (2023).
Митцхелл, ЛС & Цолвелл, Љ Анализа паратопа нанотела открива већу разноликост од класичних антитела. Протеин Енг. Дес. Сел. 31267–275 (2018).
Винцке, Ц. ет ал. Општа стратегија за хуманизацију једнодоменског антитела камиле и идентификација универзалног хуманизованог нанотела. Ј. Биол. Цхем. 2843273–3284 (2009).
Хунт, АЦ ет ал. Мултивалентно дизајнирани протеини неутралишу САРС-ЦоВ-2 варијанте које изазивају забринутост и пружају заштиту од инфекције код мишева. Сци. Трансл. Мед. 14еабн1252 (2022).
Раготте, РЈ ет ал. Де ново дизајн моћних инхибитора токсина из породице клостридија. Проц. Натл Ацад. Сци. САД 122е2509329122 (2025).
Рик, Г. ет ал. Континуирана еволуција кориснички дефинисаних гена са 1 милион пута већом стопом геномске мутације. Наука 386еадм9073 (2024).
Равикумар, А., Арзуманиан, ГА, Обади, МКА, Јаванпоур, АА & Лиу, ЦЦ Скалабилна, континуирана еволуција гена при стопама мутација изнад прагова геномске грешке. Целл 1751946–1957.е13 (2018).
Валлс, АЦ ет ал. Неочекивана функционална мимикрија рецептора објашњава активацију фузије коронавируса. Целл 1761026–1039.е15 (2019).
Иармарковицх, М. ет ал. Циљање интрацелуларних онкопротеина са ЦАР-овима усмереним на пептиде. Природа 623820–827 (2023).
Сун, И. ет ал. Структурни принципи пептидно-центричног препознавања химерних антигенских рецептора воде терапијску експанзију. Сци. Иммунол. 8еадј5792 (2023).
Ду, Х. ет ал. Циљање пептидних антигена коришћењем мултиалелног МХЦ И-везујућег система. Нат. Биотецхнол. хттпс://дои.орг/10.1038/с41587-024-02505-8 (2024).
Сим, МЈВ ет ал. Олигоклонални ТЦР високог афинитета дефинишу ефикасну адаптивну терапију Т ћелија која циља мутантни КРАС-Г12Д. Проц. Натл Ацад. Сци. САД 11712826–12835 (2020).
Сун, И. ет ал. Универзални отворени МХЦ-И молекули за брзо пуњење пептида и побољшану стабилност комплекса преко ХЛА алотипова. Проц. Натл Ацад. Сци. САД 120е2304055120 (2023).
Хитавала, ФН & Греи, ЈЈ Шта је АлпхаФолд3 научио о спајању антитела и нанотела, а шта остаје нерешено? Препринт ат биоРкив хттпс://дои.орг/10.1101/2024.09.21.614257 (2024).
Ванг, Ц. ет ал. Протеус: пионирска генерација протеинске структуре за побољшану могућност дизајна и ефикасност. Препринт ат биоРкив хттпс://дои.орг/10.1101/2024.02.10.579791 (2024).
Иим, Ј. ет ал. Брзо стварање протеинске кичме са СЕ(3) усклађивањем протока. Препринт ат арКсив хттпс://дои.орг/10.48550/арКсив.2310.05297 (2023).
Босе, Ј. ет ал. СЕ(3)-стохастичко усклађивање протока за генерисање протеинске кичме. Ин Проц. 12. Међународна конференција о репрезентацијама учења (ИЦЛР, 2024).
Геффнер, Т. ет ал. Протеина: генеративни модели протеинске структуре засноване на скалирању протока. Ин Проц. 13. Међународна конференција о репрезентацијама учења (ИЦЛР, 2025).
Крисхна, Р. ет ал. Генерализовано биомолекуларно моделирање и дизајн са РосеТТАФолд Алл-Атом. Наука хттпс://дои.орг/10.1126/сциенце.адл2528 (2024).
Гао, СХ, Хуанг, К., Ту, Х. & Адлер, АС Резултати за хуманост моноклонских антитела и његове примене. БМЦ Биотецхнол. 1355 (2013).
Дреиер, ФА, Цуттинг, Д., Сцхнеидер, Ц., Кенлаи, Х. & Деане, ЦМ Инверзно савијање за дизајн секвенце антитела користећи дубоко учење. Прештампа на хттпс://дои.орг/10.48550/арКсив.2310.19513 (2023).
Прихода, Д. ет ал. БиоПхи: платформа за дизајн антитела, хуманизацију и процену хуманости заснована на репертоарима природних антитела и дубоком учењу. мАбс 142020203 (2022).
Био, Н. & Бисвас, С. Де ново дизајн епитоп-специфичних антитела против растворљивих и мултипролазних мембранских протеина са високом специфичношћу, развојношћу и функцијом. Препринт ат биоРкив хттпс://дои.орг/10.1101/2025.01.21.633066 (2025).
Ватсон, ЈЛ скуп података за обуку антитела за „Атомски прецизан де ново дизајн антитела са РФ дифузијом“ (скуп података). Зенодо хттпс://дои.орг/10.5281/зенодо.15741710 (2025).
Алтсцхул, СФ ет ал. Гаппед БЛАСТ и ПСИ-БЛАСТ: нова генерација програма за претрагу базе података протеина. Нуклеинске киселине Рес. 253389–3402 (1997).
Дунбар, Ј. ет ал. САбДаб: база података структурних антитела. Нуклеинске киселине Рес. 42Д1140–Д1146 (2014).
Јагер, М., Гехриг, П. & Плуцктхун, А. СцФв фрагмент антитела ху4Д5-8: доказ за рану преурањену интеракцију домена у поновном савијању. Ј. Мол. Биол. 3051111–1129 (2001).
Каваи, С., Хасхимото, В. & Мурата, К. Трансформатион оф Саццхаромицес церевисиае и друге гљиве. Биоенг. Бугс 1395–403 (2010).
